Die Kollegstufe umfasst die Arbeit nach der Mittleren Reife bis zum Abschluss der Abiturprüfung. Die Kollegiaten arbeiten in drei Phasen (in Fortsetzung der Stufen 1 bis 3 der Karl-Popper-Schule als Stufen 4 bis 6), die sich grundsätzlich an den Vorlagen der gymnasialen Oberstufe (Jgst. 11 bis 13) orientieren. Sie konzentrieren sich auf die Fächer, die sie in die schriftlichen und mündlichen „Abiturprüfungen für Nichtschüler“ einbringen werden: Zwei Fremdsprachen, Mathematik, Deutsch, Geschichte, mindestens eine Naturwissenschaft, mindestens ein sozialwissenschaftliches Fach.
Die Kollegiaten erhalten jedoch Gelegenheit, über ihre Prüfungsfächer hinaus ein erweitertes Fächerspektrum zu belegen, darunter Informatik, Psychologie und Chinesisch, Schach, Debating, Theaterwerkstatt und Musik.
Im Unterschied zu den Oberstufen der öffentlichen Schulen wird die Leistung des Externenabiturs vollständig auf Basis der Abschlussprüfung nachgewiesen. Teil der pädagogischen Arbeit mit den Kollegiaten ist daher die Eingewöhnung in Prüfungssituationen und das Training des freien Sprechens. Sie haben bis zur Prüfung die Möglichkeit, ihre Leistungen und persönlichen Kompetenzen unter Anleitung auszugleichen und zu entwickeln.
Zur Zeit hat die Kollegstufe den Status eines Vorbereitungsinstituts in gemeinnütziger Trägerschaft. Sie unterliegt damit ungünstigeren Rechtsbestimmungen als die Oberstufen genehmigter Ersatzschulen, insbesondere in Bezug auf das Eintrittsalter der Kollegiaten. Zwar konnte für alle Jugendlichen des aktuellen Jahres 2023 ihre Zulassung erreicht werden; dennoch laufen, um hier Sicherheit zu erreichen, Planungen den Status zu verändern. Voraussichtlich wird die Kollegstufe im Sommer 2024 in eine genehmigte Oberstufe eingebracht, für deren Schüler*innen dann keine Einschränkungen mehr bestehen.